La historia del fútbol en Ecuador tuvo sus orígenes cuando el guayaquileño Juan Alfredo Wright, quién residía en Inglaterra, volvió a su ciudad natal,Guayaquil, a mediados del año de 1899 junto a su hermano Roberto Wright. El retorno de ambos a Ecuador, sirvió para incentivar a los jóvenes ecuatorianos a practicar el fútbol.

Corrían los últimos años del siglo 19 cuando retornaron a Guayaquil un grupo de jóvenes que habían realizado sus estudios superiores en Inglaterra, donde deportes como el fútbol, cricket y lawn tennis estaban en apogeo. Estos jóvenes, entre los que destacaban los hermanos Juan Alfredo y Roberto Wright quienes formaron un club con la idea de que sus socios puedan tomar parte de las distracciones que se vivían en Europa, y es así como el 23 de abril de 1899 se funda el Guayaquil Sport Club, iniciando la práctica de un deporte, en ese entonces bastante extraño, que se jugaba con un balón y al que se lo impulsaba con los pies hacia dos arcos rectangulares. A raiz de esto, posteriormente, se creó el Club Sport Ecuador y elClub Asociación de Empleados Actualmente un Club de trabajadores. Un año después, el 28 de enero de 1900 se registraron los primeros encuentros de manera oficial.

El 22 de julio de 1902 se funda el Club Sport Ecuador , cuyo uniforme consistía de una camiseta azul y pantalón corto blanco. En los siguientes años de la primera década del siglo 20 surgieron nuevos equipos como Club Asociación de Empleados, Libertador Bolívar (formado por la tripulación del torpedero del mismo nombre), Unión y Gimnástico, Club Sport Unión, Club Sport Vicente Rocafuerte, Club Sport Santiago, Club 24 de Mayo. De la misma manera en Quito no se quedan atrás y en 1906 llega el fútbol a El Ejido y se conforman varios equipos como el Sport Club Quito y Sociedad Deportiva Gladiador.

En el año 1908 se formó en Guayaquil el Club Sport Patria, actualmente el equipo en actividad más antiguo del país. Además en aquel año se organizó el primer torneo que se disputó en Ecuador. En 1921 se organizó un triangular entre el Centenario, Club Sport Norteamérica y los marinos del buque inglés Cambrian, quienes obsequian un escudo para que sea entregado como trofeo en Ecuador, naciendo la disputa del famoso Escudo Cambrian, que se juega entre 1923 y 1931. Ante la necesidad de contar con un organismo que regule las competencias deportivas en 1922 Manuel Seminario impulsa la fundación de la Federación Deportiva Guayaquil (luego Federación Deportiva del Guayas, FDG) que pasa a organizar el campeonato oficial que es ganado por el Racing Club de Guayaquil , mientras que en Quito el campeonato es obtenido por Sociedad Deportiva Gladiador.

En 1925, las provincias de Guayas y Pichincha empezaron a organizar campeonatos de tipo amateurs. Más tarde el 30 de mayo de ese mismo año, Manuel Seminario promovió la fundación de la Federación Deportiva Nacional del Ecuador, mejor conocida por su acrónimo Fedenador. La nueva entidad recibió las afiliaciones internacionales obtenidas por la FDG y en enero de 1926 empezó a figurar como miembro de la FIFA y al año siguiente de la Conmebol. Un año después, en 1926, el Comité Olímpico Ecuatoriano organizó las Olimpíadas Nacionales en la ciudad de Riobamba, el cual introdujo al fútbol como disciplina, donde por primera vez se conformarían selecciones provinciales. La selección provincial anfitriona, Chimborazo, de ganó el torneo forma invicta.

Aquel mismo año, después de lo acontecido, el Ecuador se afilia de forma oficial a la FIFA y el año siguiente, en 1927 a la Confederación Sudamericana de Fútbol (CONMEBOL). Mucho tiempo después, en 1940, se empezaron a organizar campeonatos nacionales de selecciones amateurs. Estos campeonatos se realizaron en un período que comprende desde 1940 hasta 1949.

A finales de 1950 por desaveniencias con la FDG los principales equipos de Guayaquil, entre ellos Barcelona, Emelec, Norteamérica, 9 de Octubre,Everest, Patria y Río Guayas, deciden separarse de dicha federación e instauran el profesionalismo con la creación de la Asociación de Fútbol del Guayas. El mismo paso tomaron los clubes de Quito en 1954 con la creación de la Asociación de Fútbol No Amateur de Pichincha.

En 1957 se llega a un acuerdo para que los dos mejores equipos de los campeonatos de Quito y Guayaquil disputen un torneo para decidir al campeón nacional, con el cual nace el Campeonato Nacional de Fútbol. Este torneo fue disputado por Emelec, Barcelona, Deportivo Quito y Aucas, coronándose el primero como campeón. Tras no disputarse en los siguientes dos años, el campeonato nacional fue organizado nuevamente en 1960con 8 equipos (4 de cada asociación), y desde allí se ha venido disputando anualmente. Durante la década del 60 se agregaron equipos de Ambato yManta, que ya contaban con equipos profesionales. En 1967 se disputan por última vez los campeonatos de Guayaquil y Quito (llamado Campeonato Interandino). El 30 de junio de ese mismo año surge la Asociación Ecuatoriana de Fútbol, separando la organización del fútbol de la Federación Deportiva Nacional del Ecuador.

En los años 70 fueron ingresando al campeonato clubes de otras ciudades, como Cuenca, Riobamba, Portoviejo y Machala. En 1971 se crea la Serie B como el segundo nivel del fútbol ecuatoriano, creándose el sistema de ascensos/descensos con respecto a la Serie A. En estos años el número de clubes se estabiliza en 10 equipos para cada división. El 26 de mayo de 1978 se reforman los estatutos de la Asociación de Fútbol y se cambia el nombre de la institución a Federación Ecuatoriana de Fútbol.

El número de equipos en la primera división varía en los años 80 llegando a 16 en 1985 y 18 en 1987. El torneo es reformado en 1989 para tener 12 equipos en la Serie A. Este número fue disminuido a 10 en el año 2000. Ese mismo año marcó un hito en el fútbol ecuatoriano cuando el Olmedo fue el primer equipo fuera de Quito o Guayaquil que consiguió obtener el primer y único título de campeón nacional de fútbol. Este hecho fue igualado en el 2004 por el Deportivo Cuenca, con el Olmedo como vicecampeón.

En el año 2005, se decidió realizar dos torneos al año, similar a lo que ocurre en otros torneos sudamericanos, fueron denominados como Torneo Apertura y Torneo Clausura, aunque este formato no fue considerado para el siguiente año, en el cual se volvió al sistema tradicional de una liguilla final para definir al campeón. Desde 2008 se amplió nuevamente la cantidad de equipos a 12 en la Serie A.